Passa al contingut principal

Software engineer in C/C++/OCaml pel Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG)

The CNAG started operating in March 2010 and is aimed to carry out large-scale DNA sequence analysis projects in human and other species in collaboration with researchers in Catalonia, Spain and internationally. The CNAG operates 13 second generation DNA sequencers and has a dedicated 13 Tflop compute cluster with a 2 petabyte disk storage array, becoming one of the major Genome Sequencing Centers in Europe. 

The job will take place within the Algorithm Development team, whose mission is to design and deploy practical methods to process the hundreds of gigabases of DNA sequencing data produced daily by the 
Center. Algorithmic problems to be dealt with range from sequence mapping, genome assembly and variant calling to data processing, compression and storage. 

Responsibilities: 

The CNAG seeks a talented engineer that will be in charge, under the supervision of the Algorithm Development team leader, of maintaining and expanding the codebase lying at the foundation of the computational methods developed within the group (with particular reference to the GEM library for 
short read indexing, http://gemlibrary.sourceforge.net, and the data analysis pipelines built on top of it). 

Candidate profile: 

  • Relevant education in computer science, physics, mathematics, bioinformatics or equivalent. Other careers (such as proven long-standing experience in software engineering) might be considered. 
  • Excellent and long-standing programming experience in medium-to-large software projects (10-100 Klines of code). The candidate must have achieved a thorough mastery of the C/C++ programming languages, with particular reference to advanced programming techniques. Particularly relevant will be considered the proficiency in functional languages like OCaml, as part of the codebase is implemented using this language. 
  • Good practical background in computer science, with particular emphasis on algorithmics (data structures, programming languages, theory of parsing and formal languages), string manipulation algorithms (indexing, compression, pattern matching, searches) and program optimization. 
  • Previous exposure to biology and bioinformatics (in particular, some practical knowledge of sequence alignment tools). 


In general, enthusiasm, rigor and motivation along with scientific curiosity and good team spirit will be appreciated. The candidate should also show a marked propensity to find original solutions to problems and to “think big”. 

Conditions: 

Non-permanent contract. This position is funded by RD-Connect, an FP7 EU Research Project. 

Application procedure: 

Interested candidates may submit a CV and a brief statement of experience and interests before eptember 30th 2013 to the following email address, indicating the offer reference (Ref: Eng_Algorithm) in the message subject: borsadetreball@pcb.ub.cat 

Comentaris

Entrades populars d'aquest blog

Oferta pública 03/06/2021

1 plaça de Tècnic de medi ambient / Ajuntament de Caldes de Malavella 1 plaça de Tècnic de medi ambient / Ajuntament de Lleida 1 plaça de Tècnic de grau mitjà de gestió especialitzada amb destí a la Unitat de banc de dades i cadastre / Ajuntament de Manresa 1 plaça de Data Solutions Manager - Clinical Trials / Fundació Hospital Universitari Vall d'Hebron - Institut de Recerca (HUVH IR) 1 plaça d' Industrial engineer for the development of automatic indicators to assess quality of care based on the value and optimization of the results / Fundació Institut d'Investigació Sanitària Pere Virgili (IISPV) 1 plaça de Tècnic al projecte: R2B2021/06 - Elaboració d'aiguardent de pera procedent d'excedent de fruita i envellit de forma accelerada / Fundació Universitat Rovira i Virgili 2 places de Tècnic de renovacions / Generalitat de Catalunya - Ens d'Abastament d'Aigua Ter-Llobregat (ATL) 1 plaça de Tècnic mitjà en Ciberseguretat / Generalitat de Catalunya -

Oferta pública 15/06/2021

1 plaça d' Enginyer tècnic / Ajuntament de Moià Borsa de treball de places de Tècnic superior de gestió, especialitat en sistemes d'informació geogràfica / Ajuntament de Viladecans 1 plaça de Master Student - Embedded Hardware and Software Design for Critical Systems (R0) / Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS) 1 plaça de Researcher position in Communication Technologies Division - SMARTECH Department / Centre Tecnològic de Telecomunicacions de Catalunya (CTTC) 1 plaça d' Enginyer tècnic industrial / Consell Comarcal del Gironès 1 plaça de Titulat superior enginyer agrònom a l'Escola Agrària Forestal de Santa Coloma de Farners / Generalitat de Catalunya - Departament d'Acció Climàtica, Alimentació i Agenda Rural 1 plaça de Diplomat enginyer tècnic forestal als Serveis Territorials a les Terres de l'Ebre / Generalitat de Catalunya - Departament d'Acció Climàtica, Alimentació i Agenda Rural 1 plaça de Tècnic super

Oferta pública 14/06/2021

1 plaça de Tècnic gestor de Projectes Nacionals per a la Unitat d'Ajuts Nacionals - UNAC / Fundació Clínic per a la Recerca Biomèdica 1 plaça de Diplomat enginyer tècnic forestal a l'Àrea Bàsica dels Agents Rurals a la Cerdanya, a Bellver de Cerdanya / Generalitat de Catalunya - Departament d'Acció Climàtica, Alimentació i Agenda Rural 1 plaça de Researcher in Pomology for the Fruit Production Program / Generalitat de Catalunya - Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries (IRTA) 1 plaça de Researcher in Prunus Breeding for the Fruit Production Program / Generalitat de Catalunya - Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries (IRTA) 1 plaça de Cap de la Unitat IT / Institut d'Investigació en Ciències de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP) 1 plaça d' Especialista en desenvolupament de software al Centre Tecnològic BETA / Universitat de Vic (UVic) 1 plaça d' Investigador sènior expert en desenvolupament de software al Centre Tecnològic BETA / Un