Passa al contingut principal

Software engineer in C/C++/OCaml pel Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG)

The CNAG started operating in March 2010 and is aimed to carry out large-scale DNA sequence analysis projects in human and other species in collaboration with researchers in Catalonia, Spain and internationally. The CNAG operates 13 second generation DNA sequencers and has a dedicated 13 Tflop compute cluster with a 2 petabyte disk storage array, becoming one of the major Genome Sequencing Centers in Europe. 

The job will take place within the Algorithm Development team, whose mission is to design and deploy practical methods to process the hundreds of gigabases of DNA sequencing data produced daily by the 
Center. Algorithmic problems to be dealt with range from sequence mapping, genome assembly and variant calling to data processing, compression and storage. 

Responsibilities: 

The CNAG seeks a talented engineer that will be in charge, under the supervision of the Algorithm Development team leader, of maintaining and expanding the codebase lying at the foundation of the computational methods developed within the group (with particular reference to the GEM library for 
short read indexing, http://gemlibrary.sourceforge.net, and the data analysis pipelines built on top of it). 

Candidate profile: 

  • Relevant education in computer science, physics, mathematics, bioinformatics or equivalent. Other careers (such as proven long-standing experience in software engineering) might be considered. 
  • Excellent and long-standing programming experience in medium-to-large software projects (10-100 Klines of code). The candidate must have achieved a thorough mastery of the C/C++ programming languages, with particular reference to advanced programming techniques. Particularly relevant will be considered the proficiency in functional languages like OCaml, as part of the codebase is implemented using this language. 
  • Good practical background in computer science, with particular emphasis on algorithmics (data structures, programming languages, theory of parsing and formal languages), string manipulation algorithms (indexing, compression, pattern matching, searches) and program optimization. 
  • Previous exposure to biology and bioinformatics (in particular, some practical knowledge of sequence alignment tools). 


In general, enthusiasm, rigor and motivation along with scientific curiosity and good team spirit will be appreciated. The candidate should also show a marked propensity to find original solutions to problems and to “think big”. 

Conditions: 

Non-permanent contract. This position is funded by RD-Connect, an FP7 EU Research Project. 

Application procedure: 

Interested candidates may submit a CV and a brief statement of experience and interests before eptember 30th 2013 to the following email address, indicating the offer reference (Ref: Eng_Algorithm) in the message subject: borsadetreball@pcb.ub.cat 

Comentaris

Entrades populars d'aquest blog

Oferta pública 20/01/2022

3 places de Coordinator of Competitive Calls / Centre Tecnològic de Telecomunicacions de Catalunya (CTTC) 1 plaça de Professor lector en el marc del Pla Serra Húnter, Departament: Enginyeria Química, Agrària i Tecnologia Agroalimentària (UdG-LE-211-026) / Universitat de Girona (UdG) 1 plaça de Personal investigador en formació a Enginyeria mecànica i de la construcció industrial / Universitat de Girona (UdG) 1 plaça de Researcher position in Computer Vision at CVC's Vision and Language Group / Centre de Visió per Computador (CVC) 1 plaça d' AI engineer position for CVC Interactive Augmented Modelling research group / Centre de Visió per Computador (CVC) 1 plaça de Tècnic de suport per al projecte de la Unitat d'Innovació / Centre de Visió per Computador (CVC) 1 plaça de Scientific Programmer / Consorci Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB) - European Molecular Biology Laboratory (EMBL) 1 plaça de Llicenciat de Suport a la Recerca en Grup de Recerca Informàtic

2a edición de Horeca Challenge: Soluciona los retos de la restauración 2022

Después de una èxitosa primera edición con más de 200 startups participantes, este 2022 vuelve el Horeca Challenge 2.0 con un nuevo partner, Pepsico, que se une a Damm, Mediapro y Familia Torres en la busca de soluciones innovadoras y efectivas para ayudar a bares y restaurantes a mejorar su situación. Durante este webinar explicaran los retos de esta nueva edición, el calendario y resolveran cualquier duda que pueda surgir respecto a la iniciativa. También entrevistaran a una de las ganadoras de la primera edición, la emprendedora Maria Kueppers de la startup Miss Tipsi. Las preguntas se podrán realizar a través del chat online y los ponentes responderán al final de la sesión. Esta actividad se realizará en streaming gracias a la tecnología de Watchity y el acceso se activará a las 10:00h en la web Streaming de Tech Barcelona y en su Twitter y Linkedin. Quan: 25/01/2022 / 10:00 - 11:00 Més informació Més entrades de Concursos

Oferta pública 21/01/2022

Borsa de treball de places de Tècnic superior en zones verdes / Ajuntament de Tarragona Borsa de treball de places de Tècnic especialista en projectes d'educació i sensibilització ambiental / Ajuntament de Viladecans 1 plaça de PhD Student - Embedded Hardware and Software Design for Critical Systems (R1) / Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS) 1 plaça de Research Engineer - AINA (RE3) / Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS) Borsa de treball de places de Tècnic de protecció civil / Consell Comarcal d'Osona 1 plaça d' Administrador de Sistemes Linux / Fundació Hospital Asil de Granollers 1 plaça de Research Engineer-Stroke Research / Fundació Hospital Universitari Vall d'Hebron - Institut de Recerca (HUVH IR) 1 plaça de Diplomat enginyer tècnic agrícola a la Direcció General d'Agricultura i Ramaderia / Generalitat de Catalunya - Departament d'Acció Climàtica, Alimentació i Agen