Passa al contingut principal

Software engineer in C/C++/OCaml pel Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG)

The CNAG started operating in March 2010 and is aimed to carry out large-scale DNA sequence analysis projects in human and other species in collaboration with researchers in Catalonia, Spain and internationally. The CNAG operates 13 second generation DNA sequencers and has a dedicated 13 Tflop compute cluster with a 2 petabyte disk storage array, becoming one of the major Genome Sequencing Centers in Europe. 

The job will take place within the Algorithm Development team, whose mission is to design and deploy practical methods to process the hundreds of gigabases of DNA sequencing data produced daily by the 
Center. Algorithmic problems to be dealt with range from sequence mapping, genome assembly and variant calling to data processing, compression and storage. 

Responsibilities: 

The CNAG seeks a talented engineer that will be in charge, under the supervision of the Algorithm Development team leader, of maintaining and expanding the codebase lying at the foundation of the computational methods developed within the group (with particular reference to the GEM library for 
short read indexing, http://gemlibrary.sourceforge.net, and the data analysis pipelines built on top of it). 

Candidate profile: 

  • Relevant education in computer science, physics, mathematics, bioinformatics or equivalent. Other careers (such as proven long-standing experience in software engineering) might be considered. 
  • Excellent and long-standing programming experience in medium-to-large software projects (10-100 Klines of code). The candidate must have achieved a thorough mastery of the C/C++ programming languages, with particular reference to advanced programming techniques. Particularly relevant will be considered the proficiency in functional languages like OCaml, as part of the codebase is implemented using this language. 
  • Good practical background in computer science, with particular emphasis on algorithmics (data structures, programming languages, theory of parsing and formal languages), string manipulation algorithms (indexing, compression, pattern matching, searches) and program optimization. 
  • Previous exposure to biology and bioinformatics (in particular, some practical knowledge of sequence alignment tools). 


In general, enthusiasm, rigor and motivation along with scientific curiosity and good team spirit will be appreciated. The candidate should also show a marked propensity to find original solutions to problems and to “think big”. 

Conditions: 

Non-permanent contract. This position is funded by RD-Connect, an FP7 EU Research Project. 

Application procedure: 

Interested candidates may submit a CV and a brief statement of experience and interests before eptember 30th 2013 to the following email address, indicating the offer reference (Ref: Eng_Algorithm) in the message subject: borsadetreball@pcb.ub.cat 

Comentaris

Entrades populars d'aquest blog

Oferta pública 21/11/2020

1 plaça de Senior Model and Workflow Earth Science Engineer (RE3) / Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS) 1 plaça de Senior Data Management Engineer (RE3) / Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS) 1 plaça de Senior HPC Performance Earth Science Researcher (R2) / Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS) 1 plaça d' IAP coordinator / Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS) 1 plaça de Junior Competitive research projects developer / Institut de Recerca en Energia de Catalunya (IREC) 1 plaça d' Investigador ordinari amb destinació al Departament d'Enginyeria Electrònica / Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) 1 plaça d' Investigador predoctoral amb destinació al Departament de Sanitat i Animals / Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) 1 plaça de Tècnic superior per al projecte PECT Osona Transformació Social / Uni

Webinar UPC Alumni - Normativa laboral bàsica

Un cop superat el procés de selecció: saps quins tipus de contractes et poden oferir? Saps interpretar la teva nòmina? Coneixes la diferència entre el sou brut i el sou net? En aquesta activitat aprendràs quins són els contractes que més utilitzen les empreses i obtindràs recursos per navegar amb seguretat en el món de les relacions laborals. Quan: 25/11/2020 a les 12:00 Inscripcions Més entrades UPC Alumni

5a Jornada #UPCRecircula

Si el 2050 la població mundial arriba als 9.600 milions de persones, per mantenir l’actual estil de vida serà necessari l’equivalent a gairebé tres planetes. L’actual model de producció i consum de recursos té impactes ambientals i socials evidents i ja representa el principal catalitzador de la crisi climàtica i de biodiversitat del planeta. La pandèmia produïda per la Covid-19 ha evidenciat i encara ha fet més acusats aquests impactes.  A la UPC estem contribuint a un nou model de producció i consum responsable (ODS 12) desenvolupant tecnologia orientada a respondre a les necessitats globals i de l’entorn,  aportant el nostre coneixement de forma rigorosa, oberta i col·laborativa, formant a futurs professionals socialment responsables i actuant amb coherència en la gestió sostenible dels nostres campus. L’Estratègia UPC Recircula ha definit un camí orientat a la prevenció de residus, la reutilització de recursos i el tancament de cicles materials als campus de la UPC. Cinc anys despr