Passa al contingut principal

Software engineer in C/C++/OCaml pel Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG)

The CNAG started operating in March 2010 and is aimed to carry out large-scale DNA sequence analysis projects in human and other species in collaboration with researchers in Catalonia, Spain and internationally. The CNAG operates 13 second generation DNA sequencers and has a dedicated 13 Tflop compute cluster with a 2 petabyte disk storage array, becoming one of the major Genome Sequencing Centers in Europe. 

The job will take place within the Algorithm Development team, whose mission is to design and deploy practical methods to process the hundreds of gigabases of DNA sequencing data produced daily by the 
Center. Algorithmic problems to be dealt with range from sequence mapping, genome assembly and variant calling to data processing, compression and storage. 

Responsibilities: 

The CNAG seeks a talented engineer that will be in charge, under the supervision of the Algorithm Development team leader, of maintaining and expanding the codebase lying at the foundation of the computational methods developed within the group (with particular reference to the GEM library for 
short read indexing, http://gemlibrary.sourceforge.net, and the data analysis pipelines built on top of it). 

Candidate profile: 

  • Relevant education in computer science, physics, mathematics, bioinformatics or equivalent. Other careers (such as proven long-standing experience in software engineering) might be considered. 
  • Excellent and long-standing programming experience in medium-to-large software projects (10-100 Klines of code). The candidate must have achieved a thorough mastery of the C/C++ programming languages, with particular reference to advanced programming techniques. Particularly relevant will be considered the proficiency in functional languages like OCaml, as part of the codebase is implemented using this language. 
  • Good practical background in computer science, with particular emphasis on algorithmics (data structures, programming languages, theory of parsing and formal languages), string manipulation algorithms (indexing, compression, pattern matching, searches) and program optimization. 
  • Previous exposure to biology and bioinformatics (in particular, some practical knowledge of sequence alignment tools). 


In general, enthusiasm, rigor and motivation along with scientific curiosity and good team spirit will be appreciated. The candidate should also show a marked propensity to find original solutions to problems and to “think big”. 

Conditions: 

Non-permanent contract. This position is funded by RD-Connect, an FP7 EU Research Project. 

Application procedure: 

Interested candidates may submit a CV and a brief statement of experience and interests before eptember 30th 2013 to the following email address, indicating the offer reference (Ref: Eng_Algorithm) in the message subject: borsadetreball@pcb.ub.cat 

Comentaris

Entrades populars d'aquest blog

11 Beques de col·laboració a desenvolupar en els diferents serveis del CCCB, curs 2018

Aquestes beques tenen per objecte el perfeccionament docent dels beneficiaris per tal de completar la seva formació pràctica i contribuir en la inserció laboral, fomentant l’autoformació i aproximant els estudiants al context professional.

Podran sol·licitar la seva participació en la present convocatòria les persones que reuneixin algun dels requisits següents: 

Estar matriculat en la Facultat de la Universitat corresponent, cursant estudis de grau amb un mínim de 120 crèdits superats, màster o doctorat, durant el curs acadèmic 2017 -2018.Estar titulat en els estudis de grau, màster, corresponents a la beca per la qual s’opta. La data de la titulació ha de ser posterior a l’any 2013. No es podran presentar a la present convocatòria aquelles persones que hagin gaudit amb anterioritat d’una beca del CCCB.

Àrea d’Audiovisuals i CCCBLab Nombre de beques: 2 
Àrea de Debat i Educació: Nombre de beques: 3
Àrea d’Exposicions i Activitats Culturals: Nombre de beques: 3
Servei de Comunicació: Nombre…

Oferta pública 16/11/2019

1 plaça de Tècnic de serveis al territori / Ajuntament de Quart

1 plaça de Developer engineer - OmpSs@FPGA (RE2) / Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS)

1 plaça de Senior posdoctoral researcher at the Biosensors for bioengineering Group / Institut de Bioenginyeria de Catalunya

1 plaça de Tècnic superior per al al Gabinet Tècnic / Generalitat de Catalunya - Departament d'Educació

Borsa de treball de places de Tècnic de serveis ambientals / Mancomunitat Intermunicipal del Cardener

1 plaça d'Enginyer / Ajuntament de Vilassar de Mar

1 plaça d'Enginyer de recerca (RE2) / Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS)

418 places d'Escala superior d'Administració general del cos superior d'administració de la Generalitat, opcions: general, jurídica, economia, prevenció i medi ambient / Generalitat de Catalunya - Departament de Polítiques Digitals i Administració Pública

1 plaça d'Ajudant de recerca per…

Oferta pública 03/11/2019

1 plaça de Director de tecnologies i innovació / Ajuntament de Badalona - Badalona Serveis Assistencials, SA

1 plaça de Desenvolupador de programari - administrador del sistema a la divisió de xarxes de comunicació / Centre Tecnològic de Telecomunicacions de Catalunya

1 plaça d'Investigador per a la divisió de xarxes de comunicació - departament Phycom / Centre Tecnològic de Telecomunicacions de Catalunya

1 plaça d'Enginyer de software / Fundació Centre de Regulació Genòmica

1 plaça de Tècnic superior per processament i anàlisis d'imatge mèdica / Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS)

22 places de Professor agregat / Universitat Autònoma de Barcelona

3 places de Personal en pràctiques a l'empara dels ajuts concedits per a la Promoció de l'Ocupació Jove i Implantació de la Garantia Juvenil en R+D+I / Universitat Rovira i Virgili